Nadal nhỉnh hơn với sáu chiến thắng trong đó có lần đánh bại đối thủ để đăng quang ở Australia Mở rộng 2009.
Roland Garros 2006. Nadal, khi ấy mới 20 tuổi, là đương kim vô địch và đã chứng tỏ bản thân là "vua sân đất nện" với 59 trận thắng liên tiếp trên mặt sân này. Federer, 24 tuổi, là tay vợt hay nhất thế giới lúc đó. Anh chiến thắng trong cả bảy lần vào chung kết Grand Slam, trong đó có ba trận tranh ngôi vô địch Australia Mở rộng, Wimbledon và Mỹ Mở rộng trước đó. Tuy nhiên, trong bốn lần chạm trán trước đó, Nadal đều chiến thắng và tay vợt người Tây Ban Nha tiếp tục đánh bại kình địch với tỷ số 1-6, 6-1, 6-4, 7-6.
Wimbledon 2006. Nadal thắng Federer cả bốn lần đối đầu trước đó trong năm 2006. Tuy nhiên, khi trở lại mặt sân sở trường, Federer đánh bại đối thủ sau bốn set với tỷ số 6-0, 7-6, 6-7, 6-3. Sau trận đấu, tay vợt người Thụy Sỹ nhận xét trận thắng này quan trọng với anh khi bại tướng là Nadal vì nó tạo ra sự thay đổi sau nhiều lần Federer thất bại trước đối thủ trẻ tuổi hơn đến từ Tây Ban Nha.
Roland Garros 2007. Một lần nữa, Federer tiến đến trận tranh chức vô địch giải đấu danh giá tại Paris sau khi chiến thắng ở cả ba Grand Slam trước đó. Trước khi Roland Garros năm đó khởi tranh một tuần, Federer lần đầu đánh bại Nadal trên sân đất nện. Tuy nhiên, một lần nữa, Nadal khiến đối thủ ôm hận. Anh giành chiến thắng sau bốn set với tỷ số 6-3, 4-6, 6-3, 6-4. Trận này, Federer mắc 59 lỗi tự đánh hỏng so với 27 của Nadal.
Wimbledon 2007. Federer lần thứ năm liên tiếp vô địch Wimbledon sau khi chiến thắng trong trận đấu kéo dài năm set với tỷ số 7-6 , 4-6, 7-6, 2-6, 6-2. Chiến tích nói trên giúp anh sánh ngang huyền thoại Bjorn Borg. Đó là một trận chiến kéo dài năm set và Federer thắng set một và set ba sau loạt tie-break. Nadal và Federer thể hiện sự thống trị với việc thay nhau vô địch 10 giải Grand Slam gần nhất. Tại Mỹ Mở rộng 2007, Federer tiếp tục đăng quang và chuỗi trận áp đảo của hai tay vợt này kết thúc ở Australia Mở rộng 2008 khi Novak Djokovic vô địch.
Roland Garros 2008. Nadal đã thể hiện phong độ đỉnh cao ở giải đấu này khi giành chức vô địch mà không để thua bất kỳ set nào. Anh đánh bại Federer với tỷ số 6-1, 6-3, 6-0 để lần thứ tư liên tiếp đăng quang ở Paris. Nadal quá áp đảo Federer, tạo nên trận chung kết Grand Slam có tỷ số cách biệt nhất tính từ năm 1984. Đây là trận chung kết Grand Slam duy nhất giữa Federer và Nadal kết thúc sau ba set.
Wimbledon 2008. Nếu Nadal giành bốn danh hiệu Roland Garros liên tiếp thì Federer năm năm gần nhất đăng quang Wimbledon. Tuy nhiên, chuỗi thành tích mang tính thống trị của mỗi cá nhân ấy chấm dứt ở Wimbledon 2008 khi Nadal giành chiến thắng sau năm set với tỷ số 6–4, 6–4, 6–7, 6–7, 9–7. Đây được xem là trận chiến hay nhất giữa Federer và Nadal.
Nadal thắng hai set đầu nhưng Federer đánh bại đối thủ trong hai loạt tie-break của set ba và set bốn. Nadal cuối cùng giành chiến thắng sau khi Federer đánh một cú thuận tay không qua lưới, kết thúc trận đấu kéo dài bốn tiếng 48 phút. Đây là trận chung kết đánh đơn dài nhất lịch sử 131 năm tồn tại của Wimbledon. Khi trận đấu kết thúc, trời đã tối đen.
Australia Mở rộng 2009. Đây là lần đầu tiên hai tay vợt gặp nhau trong một trận chung kết Grand Slam ở ngoài London và Paris. Đây cũng là giải đấu đầu tiên Nadal được xếp hạt giống số một còn Federer đứng thứ hai.
Sau một trận chiến kéo dài năm set khác, Nadal giành chiến thắng với tỷ số 7-5, 3-6, 7-6, 3-6, 6-2, ngăn Federer cân bằng kỷ lục 14 lần vô địch Grand Slam của Pete Sampras. Federer đã gặp khó khăn khi giao bóng, tỷ lệ giao bóng lượt một thành công của anh chỉ đạt 52% ở trận này. Tay vợt Thụy Sỹ sau đó đã bật khóc trong phòng họp báo khi nói về những cú giao bóng tồi tệ của anh.
Roland Garros 2011. Trước Australia Mở rộng 2017 thì đây là trận chung kết đầu tiên mà Federer và Nadal tham dự không phải dưới tư cách hai hạt giống hàng đầu của giải. Nadal lúc đó là số một nhưng Federer chỉ đứng thứ ba thế giới sau Novak Djokovic. Nadal cân bằng thành tích của huyền thoại Bjorn Borg với chức vô địch Roland Garros thứ sáu. Anh đánh bại Federer với tỷ số 7-5, 7-6, 5-7, 6-1.
Từ sau trận đấu này, Federer tham dự thêm bốn trận chung kết Grand Slam và giành danh hiệu Wimbledon thứ bảy vào năm 2012. Nadal thì có thêm tám trận chung kết Grand Slam nữa, thắng bốn, thua bốn. Năm ngoái là lần đầu tiên tính từ năm 2002, Nadal và Federer không góp mặt trong bất kỳ trận chung kết Grand Slam nào.